本市は、長崎県の南部、島原半島の南東部に位置し、北部は島原市、西部は雲仙市と接しており、有明海をはさんで熊本県天草地域に面しています。
　地勢は、千メートルを超える雲仙山麓から南へ広がる肥沃で豊かな地下水を含む大地を有し、魚介類豊富な有明海及び橘湾に広く面する海岸線を持っています。
　気候は温暖で、適度な降雨量もあり、日照時間にも恵まれています。

　また、日本最初の国立公園である雲仙天草国立公園及び島原半島県立公園に指定されており、雄大な山々と美しい海を併せ持った風光明媚な地域です。

　南島原市の面積　170.13km2　（令和2年7月1日現在）